USB Flash Drives đóng vai trò quan trọng chủ yếu trong việc phát tán virus từ máy tính này sang máy tính khác. Điều này thực sự khó chịu nhưng chúng ta vẫn phải đối mặt khi di chuyển dữ liệu thông qua các thiết bị này. Nổi tiếng nhất autorun.inf là loại virus hay được tìm thấy nhất trong các ổ cứng di động. Loại virus này không có hại nhưng gây khó chịu khi chúng tự copy ra các ổ chính của một hệ thống.